Der Windmühlentyp ist ein sogenannter Galerieholländer mit Windrose, dank der die Mühlenflügel gegen den Wind ausgerichtet werden. Ursprünglich stammt diese Art Mühle aus den Niederlanden, die Galerie ist ein Rundgang in halber Höhe der Mühle, von der aus die Flügel angetrieben oder auch abgebremst werden können.
In der Mühle konnte nach rund zweijähriger Bauzeit 1854 mit dem Kornmahlen mit Hilfe der Windkraft begonnen werden, später wurde auch mit einem Dieselantrieb gearbeitet. In den fünfziger Jahren des vorigen Jahrhunderts zerstörte ein Sturm die Flügel. Deshalb wurden die die Kappe aus Sicherheitsgründen demontiert und in der Folgezeit diente die Mühle in erster Linie nur noch als Speicher für Korn, Kraftfutter oder Düngemittel.
Als 1980 Müllermeister Fleetjer die Abbruchgenehmigung zugunsten eines Zweckneubaus in der Tasche hatte, fanden sich einige Leute aus dem Dorf, um den Abbruch zu vermeiden und stattdessen die Mühle wieder aufzubauen. Fleetjer war einverstanden, dazu die Mühle einem Verein zu überlassen, weshalb der „Verein zur Erhaltung der Windmühle Münkeboe“ gegründet wurde. Nach rund siebenjähriger Bauzeit war die Mühle sowohl innen wie außen komplett restauriert.
Die Windmühle ist der Grundstein zum heutigen Museum. Es wurde bereits 1988 mit dem Bau weiterer Anlagen für das Museum begonnen, welche 1992 fertig gestellt wurden.